El Banco de España procedió a abrir expedientes a los dos últimos consejos de administración de CajaSur, estos expedientes pueden llegar a terminar en sanción, todo esto por no cumplir sus directrices.

El Banco de España apoyaba a la fusión de CajaSur con Unicaja, pero uno de los consejos de la primera, rechazo este proyecto de fusión.

El primer expediente afecta a todos los miembros del consejo de administración de CajaSur, tras la renovación de la asamblea general de la caja habida en junio de 2005, dejando afuera al ex presidente, Miguel Castillejo, pero incluyendo a su sucesor, Juan Moreno, ya jubilado, y a otros miembros del Cabildo Catedralicio de Córdoba, como el actual obispo auxiliar de Bilbao, Mario Iceta.

Otros miembros de la entidad fundadora (el Cabildo) formaron parte del penúltimo consejo de CajaSurque participaron, aunque con mayores responsabilidades, en el siguiente y último consejo de administración de la caja cordobesa hasta su intervención el pasado mayo por el Banco de España, es decir, el que fue luego su último presidente, Santiago Gómez Sierra, y el que dejaría CajaSur como vicepresidente segundo, Fernando Cruz Conde.